補助対象が重なり得るものについては、併用できません。
【併用できない事業】
・住宅ストック循環支援事業
・住宅の断熱改修による省エネ化（省エネリフォーム）の支援事業（高性能建材による住宅の断熱リフォーム支援事業）
・ネット・ゼロ・エネルギー・ハウス（ＺＥＨ）支援事業
・住宅・建築物安全ストック形成事業（地方公共団体を通じた耐震診断・耐震改修に対する補助）
・賃貸住宅における省 CO2 促進モデル事業
【併用できる事業】
・家庭用燃料電池システム導入支援事業（併用する場合は別契約とすること。）

他の国の補助金が住宅ストック循環支援事業の場合は、同じ住宅で併用することはできません。
それ以外の事業については、既に補助事業の手続きが全て完了しているものであれば適用可能です。

同一のリフォーム工事請負契約において、他の補助金との併用はできません。ただし、自治体の単独費による補助であれば、併用可能です。

また、国の補助金（自治体の補助金に対し国が負担している場合も含む）の場合であっても、補助対象部分が、明確に切り分けられれば併用可能ですが、以下の国の他の補助金については、本補助金の対象としている補助金の目的・対象が同様であり、国費が充当されているため本事業との併用はできません。補助対象となる部分が明確に切り分けられる場合であっても併用することはできません。
①住宅ストック循環支援事業（国土交通省が実施）
②住宅・建築物安全ストック形成事業（地方公共団体が実施）　
③住宅の断熱改修による省エネ化(省エネリフォーム)の支援事業（経済産業省が実施）
④賃貸住宅における省CO2促進モデル事業（環境省が実施）
過去に補助金の交付を受けている住宅や設備については、過去に受けた補助金について返還の必要が生じないか、当該補助金の実施主体に確認した上で、本事業の実施を検討してください。

国土交通省告示第586号に定められています。具体の内容は以下のアドレスの資料を参照してください。
http://www.mlit.go.jp/common/001157437.pdf
http://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_fr2_000011.html

災害救助法に基づく「住宅の応急修理」に対する援助と併用する場合にあっては、「援助」と補助事業とで、それぞれの対象とする経費が重複しないようにすれば併用は可能です。
被災者生活再建支援法に基づく「支援金（加算支援金含む）」を受けた場合に、補助事業と併用することは可能です（「住宅の応急修理」に対する援助のように対象経費を仕分ける必要はありません）。